En la vuelta, el Barcelona no pudo superar el entramado defensivo interista (provocado por la polémica expulsión de Thiago Motta tras una entrada a Busquets) hasta el minuto 84 cuando se adelantó con gol de Gerard Piqué; no fue suficiente y el Inter pasaría gracias a un global de 3-2 se clasificó para una final de la Copa de Europa 34 años después, donde se enfrentaría al Bayern de Múnich en el estadio Santiago Bernabeu de Madrid el 22 de mayo de 2010 Inter vencería por 0-2 con dos goles de Diego Milito y obtendría su tercer título en Champions League con este éxito el Nerazzurri llegaría al Triplete histórico del club. Y el portugués José Mourinho, nombrado entrenador del Inter el 2 de junio de 2008 (tras dejar al Chelsea FC), terminó su primera temporada con el club ganando la Serie A y la Supercopa Italiana, y en su segunda temporada, consiguió el primer «triplete» de la historia del fútbol italiano, tras consagrarse campeón de la Serie A, Coppa Italia y UEFA Champions League en la temporada 2009-10 con el Inter, convirtiéndose así en el segundo entrenador más exitoso del club.
En la siguiente temporada, es fichado el brasileño Ronaldo Nazario, considerado uno de los mejores jugadores del fútbol mundial, durante el verano de 1997. También se fichó a Taribo West, Diego Simeone, Álvaro Recoba y Moriero. Su reemplazo sería el brasileño Leonardo Araújo, quien el año anterior había sido entrenador del AC Milán. También llegaron jugadores como el delantero argentino Diego Milito, el veterano defensor Lúcio, el mediocampista ofensivo neerlandés Wesley Sneijder y brasileño Thiago Motta. Andreas Brehme, Lothar Matthäus, el argentino Ramón Ángel Díaz y los italianos Walter Zenga, Giuseppe Bergomi, Nicola Berti. El delantero italiano Giuseppe Meazza es el máximo goleador de la historia del Inter (y tercer máximo anotador de la Serie A), convirtiendo 284 goles por el club en 408 encuentros. Esto hizo que llegara un nuevo entrenador, el exjugador Giampiero Marini, que llevaría al equipo a conseguir su segundo título de Copa de la UEFA con jugadores como Rubén Sosa, Giuseppe Bergomi y Walter Zenga. La Juventus fue descendida a la Serie B y perdió injustamente los Scudettos de 2005 y 2006, y el Inter, que había quedado tercero tras la Juvetus y el AC Milán, reclamó ala FIGC que se le otorgase el Scudetto de 2006, y finalmente así fue, llegando a su décimo cuarto Scudetto para los Nerazzurri, obteniendo de esa manera un título de liga que le correspondía, en todo caso, al AC Mílan, que había quedado segundo en la tabla.
De la mano de Leonardo, el Inter finalizó segundo en Liga, solamente por detrás de su eterno rival AC Milan, El Inter ganaría la séptima Copa de Italia tras imponerse 3-1 al Palermo con los goles de Samuel Eto’o y Diego Milito. Para la 2005-06 llegan Luís Figo, Walter Samuel y Julio César Soares, el Inter obtenía la segunda Supercopa de Italia de su historia al vencer a la Juventus 0-1 con gol de Veron. Helenio Herrera y Roberto Mancini son los entrenadores más ganadores en la historia del club lombardo, con siete títulos ganados por cada uno: el Inter de Herrera, conocido como Il Grande Inter, a nivel nacional se proclamó campeón de tres Serie A (dos de manera consecutiva), y a nivel internacional de dos Copas de Europa y dos Copas Intercontinentales, ambas de manera consecutiva. La temporada se inició con la marcha del que había sido el goleador interista las tres últimas temporadas, Ibrahimovic, el cual partió rumbo al FC Barcelona. En la Copa de Italia llega de nuevo a la final viéndose las caras por tercer año consecutivo con la AS Roma, pero esta vez será derrotado.
La temporada se inició con la Supercopa de Italia, ante la AS Roma, el Inter la ganaría 3-1 con goles de Eto’o y Pandev para llegar a la quinta supercopa local, pero perdería la Supercopa de Europa frente al Atlético de Madrid. Pese a la caída con AS Roma, empezaba la segunda parte del campeonato como líder. Massimo Moratti, que fue el presidente del Inter de 1995 a 2013 y era accionista minoritario del club (con el 30%), equipacion inter cedió su participación a Suning y saldrá oficialmente del club. Como una muestra de respeto hacia el presidente y exjugador, se retiró el dorsal número 3, que Facchetti había llevado durante su carrera. ↑ «Zanetti dice adiós al público del Inter, al que defendió durante 19 campañas». Un mes después, el 15 de noviembre, Erick Thohir es elegido nuevo presidente del Inter, mientras que Moratti pasa a ser presidente de honor tras 18 años como presidente del club italiano. El 15 de octubre de 2013, se confirma que Massimo Moratti vende el 70% de las acciones del equipo al empresario indonesio Erick Thohir por aproximadamente 300 millones de euros, convirtiéndose en el máximo accionista del club.
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